Hijo del capitán Hernando Marín, natural de Moratalla, y de María Sánchez, natural de Almería, vecinos de Vélez Blanco. Debía ser muy joven cuando su tío, el beneficiado Diego Marín, lo llevó a Marruecos en la misión diplomática que ejercía aquí. Muerto éste en 1585, lo sustituyó como agente de Felipe II en Marruecos, donde, al igual que su tío, era muy estimado por Ahmad al-Mansur. Sin embargo, pronto cayó en desgracia: a finales de 1588 llegó a Marrakech la noticia de la destrucción de la Armada Invencible y un grupo de mercaderes ingleses, franceses y holandeses, junto con algunos marroquíes, se manifestaron por la ciudad festejando el desastre de la armada española, deteniéndose especialmente frente a la casa del representante español Diego Marín; éste, irritado, salió con un criado dispersando y matando a 3 e hiriendo a 7, especialmente ingleses. Como resultado de este grave incidente fue encarcelado, consiguiendo la libertad en 1606, cuando Marruecos fue conquistado por Muley Abd Allah ibn-Sayj.
Durante su estancia en libertad en Marruecos siguió la tradición de su tío rescatando cautivos cristianos: en 1586 dos regidores de Lorca intercedieron a Juan Sánchez, vecino de Almería y tío de Diego Marín, para que negociara el rescate de Pedro Navarro, que fue cautivado en la villa de Las Cuevas y servía de cocinero en la casa del rey de Marruecos.
En su testamento (9-III-1643) señalaba que había servido al rey desde hacía 63 años (es decir, desde 1580) en la correspondencia que tenía con los reyes de Marruecos en tiempos de la vida del padre Diego Marín, su tío, y después de su vida con orden de Felipe II y de sus ministros, en la jornada de Portugal y en la de Larache con el marqués de Santa Cruz (1610) y en los gobiernos de las villas de Níjar, Adra y ciudad de Almería. Efectivamente, en premio a sus servicios, fue nombrado capitán gobernador militar de las compañías de caballo e infantería de la ciudad de Almería, que eran de Iñigo de Guevara, con la distinción de “criado del rey y su entretenido” y un sueldo de 50 escudos al mes. Entre sus actuaciones militares puso en defensa la ciudad en 1620, después de que los turcos asaltaran la villa de Adra.
Contrajo matrimonio en Almería con Andrea de Soto, hija del doctor Juan de Soto y de Leonor Solís de la Torre, su prima hermana por parte de madre. Fue regidor perpetuo de la ciudad de Almería, cargo que heredó de su suegro. Del matrimonio sólo tuvo una hija, Catalina Marín, que profesó en el convento de la Concepción de Almería y a quien había dado 2.500 ducados, entre ellos, 1.000 ducados que le hacía de censo Rodrigo de Gibaja, los cuales donaba al convento una vez falleciese su hija. Además de las donaciones a su hija, acumuló un importante patrimonio, valorado en 4.000 ducados, que aplicó a la fundación de dos capellanías en la Catedral de Almería: una primera, instituida el 23-III-1643, dotada con 2.000 ducados; y la segunda, fundada al morir su hija Catalina Marín (1-VII-1645) con 990,27 ducados.
Como anécdota que lo define como hombre de armas, legó en su testamento una espada ancha de caballo y un lanzón, de gran estima por haber servido al rey con ellos, a su sobrino Martín de Iguña, regidor y depositario general de la ciudad de Almería. Hombre influyente en la Almería de la época, consiguió que el obispo José de Argaiz y el cabildo le cediesen un sitio en el coro de la Catedral para asistir a los oficios religiosos. El dinero que se le debía de su salario lo donó a su hija y a cuatro sobrinas, una de ellas también monja de la Concepción. Instituyó diversas memorias y obras pías para casar huérfanas y redención de cautivos.